中文网站
Bedankt voor het bezoeken van Nature.com. U gebruikt een browserversie met beperkte CSS -ondersteuning. Voor de beste ervaring raden we u aan een bijgewerkte browser te gebruiken (of de compatibiliteitsmodus in Internet Explorer uitschakelt). Bovendien tonen we de site zonder stijlen en JavaScript om doorlopende ondersteuning te garanderen.
Toont een carrousel van drie dia's tegelijk. Gebruik de vorige en volgende knoppen om door drie dia's tegelijk te gaan, of gebruik de schuifknoppen aan het einde om door drie dia's tegelijk te gaan.
Sinds de uitbraak van de coronavirusziekte van 2019 (COVID-19) zijn over de hele wereld veel commerciële nucleïnezuuramplificatietests (NAAT's) ontwikkeld en zijn standaardbepalingen geworden. Hoewel verschillende tests snel werden ontwikkeld en toegepast op laboratoriumdiagnostische tests, zijn de prestaties van deze tests niet in verschillende instellingen geëvalueerd. Daarom was deze studie bedoeld om de prestaties van de Abbott SARS-COV-2, DAAN Gene, BGI en Sansure Biotech Assays te evalueren met behulp van de Composite Reference Standard (CRS). De studie werd uitgevoerd bij het Ethiopian Public Health Institute (EPHI) van 1 tot 30 december 2020. 164 Nasopharyngeale monsters werden geëxtraheerd met behulp van de QIAAMP RNA Mini Kit en het Abbott DNA -monsterbereidingssysteem. Van 164 exemplaren was 59,1% positief en 40,9% was negatief voor CRS. Sanure Biotech -positiviteit was significant laag in vergelijking met CRS (P <0,05). Sanure Biotech -positiviteit was significant laag in vergelijking met CRS (P <0,05). Положительные резльтаты sansure Biotech ыли значительно ниже по сравненclusю с CRS (p <0,05). De positieve resultaten van Sansure Biotech waren significant lager in vergelijking met CRS (P <0,05).与 CRS 相比, Sansure Biotech 的阳性率显着较低（ P <0,05）。。与 CRS 相比, Sansure Biotech 的阳性率显着较低（ P <0,05）。。 У Sansure Biotech ыыло значительно менше положительных резльтатов по со сравненclusю с CRS (P <0,05). Sansure Biotech had aanzienlijk minder positieve resultaten in vergelijking met CRS (P <0,05).De algemene overeenkomst van de vier analyses was 96,3-100% in vergelijking met CRS. Naast het lage positiviteitspercentage van de Sansure Biotech -test, waren de prestaties van de vier testen bijna vergelijkbaar. Als zodanig vereist de Sansure Biotech [alleen onderzoek (RUO)] test aanvullende validatie voor het gebruik ervan in Ethiopië. Ten slotte moet aanvullend onderzoek worden overwogen om assays te evalueren met de claims van de juiste fabrikant.
Laboratoriumtests maken deel uit van het strategische plan van de Wereldgezondheidsorganisatie (WHO) voor de paraatheid en respons (COVID-19) (COVID-19) (COVID-19) (SPRP). Die adviseert dat landen de laboratoriumcapaciteit moeten opbouwen om de paraatheid, het juiste casemanagement, de waakzaamheid en een snelle respons op uitdagingen op de volksgezondheid te verbeteren. Dit suggereert dat de rol van het laboratorium de sleutel is tot het karakteriseren van de ziekte en epidemiologie van opkomende infectieuze middelen en het beheersen van hun verspreiding.
De diagnose van COVID-19 vereist epidemiologische en medische informatie, persoonlijke symptomen/tekenen en radiografische en laboratoriumgegevens2. Omdat de uitbraak van Covid-19 werd gemeld in Wuhan, China, zijn over de hele wereld veel commerciële nucleïnezuuramplificatiestests (NAAT's) ontwikkeld. Real-time reverse transcriptie polymerase kettingreactie (RRT-PCR) is gebruikt als een routinematige en standaardmethode voor laboratoriumdiagnose van ernstig acuut ademhalingssyndroom 2 (SARS-CoV-2) 3 infectie. Moleculaire detectie van SARS-CoV-2 is typisch gebaseerd op het N (nucleocapsid-eiwitgen), E (envelope-eiwitgen) en RDRP (RNA-afhankelijke RNA-polymerasegen) genen in ORF1A/B (open leesframe 1A/B). gen) gebied geïdentificeerd uit het virale genoom. Ze worden beschouwd als de belangrijkste geconserveerde regio's die worden gevonden in virale genomen voor virusherkenning4. Onder deze genen hebben de RDRP- en E -genen een hoge analytische detectiegevoeligheid, terwijl het N -gen lage analytische gevoeligheid heeft5.
De prestaties van PCR -testen kunnen variëren, afhankelijk van verschillende factoren zoals: extractiereagentia, amplificatie/detectiereagentia, extractiemethode, kwaliteit van de PCR -machine en andere instrumenten. Vanaf april 2020 hebben meer dan 48 verschillende diagnostische apparaten uit negen landen Emergency Use Authorization (EUA) ontvangen voor COVID-196 diagnostiek. In Ethiopië worden meer dan 14 realtime PCR-platforms gebruikt voor PCR-detectie van SARS-COV-2 bij 26 volksgezondheidsinstellingen, waaronder ABI 7500, Abbott M2000, Roche 48000 en Quant-Studio7. Bovendien zijn er verschillende PCR-testkits beschikbaar, zoals Daan-gen-test, Abbott SARS-COV-2-test, Sansure Biotech Test en SARS-COV-2 BGI-test. Hoewel RRT-PCR zeer gevoelig is, rapporteren sommige patiënten met COVID-19 vals negatieve resultaten als gevolg van onvoldoende kopieën van virale ribonucleïnezuur (RNA) in monsters als gevolg van onjuist verzamel, transport, opslag en handling en laboratoriumtests. voorwaarden en acties van personeel8. Bovendien kunnen monster- of controle-missering, cyclusdrempel (CT) -instelling en kruisreactiviteit met andere pathogene nucleïnezuren of inactief/resterende SARS-COV-2-RNA leiden tot valse positieve resultaten in RRT-PCR9-testen. Het is dus duidelijk dat PCR -tests inderdaad dragers van genfragmenten kunnen identificeren, omdat ze zelfs geen onderscheid kunnen maken tussen echt actieve virale genen, zodat de tests alleen dragers kunnen identificeren en niet patiënten10. Daarom is het belangrijk om diagnostische prestaties te beoordelen met behulp van standaardmethoden in onze setting. Hoewel veel NAAT -reagentia beschikbaar zijn bij het Ethiopian Public Health Institute (EPHI) en in het hele land, is nog geen vergelijkende evaluatie van hun effectiviteit gemeld. Daarom was deze studie als doel de vergelijkende prestaties van commercieel beschikbare kits te evalueren voor de detectie van SARS-COV-2 door RRT-PCR met behulp van klinische monsters.
In totaal werden 164 deelnemers met vermoedelijke COVID-19 opgenomen in deze studie. Het merendeel van de monsters was afkomstig van behandelingscentra (118/164 = 72%), terwijl de resterende 46 (28%) deelnemers afkomstig waren van niet-behandelingscentra. Onder deelnemers die niet in het centrum waren behandeld, hadden 15 (9,1%) klinisch vermoedelijke gevallen en 31 (18,9%) had contacten van bevestigde gevallen. Drieënnegentig (56,7%) deelnemers waren mannelijk en de gemiddelde (± SD) leeftijd van de deelnemers was 31,10 (± 11,82) jaar.
In deze studie werden positieve en negatieve percentages van vier tests voor COVID-19 bepaald. Aldus waren de positieve percentages van de Abbott SARS-COV-2-test, DAAN Gene 2019-NCOV-test, SARS-COV-2 BGI-test en Sansure Biotech 2019-NCOV-test respectievelijk 59,1%, 58,5%, 57,9% en 55,5%. De positieve en negatieve samengestelde referentiestandaard (CRS) scores waren respectievelijk 97 (59,1%) en 67 (40,9%) (tabel 1). In deze studie was de definitie van CRS gebaseerd op de "elke positieve" regel, waarbij van de vier testresultaten twee of meer testresultaten die hetzelfde resultaat opleverden, als waar positief of negatief werden beschouwd.
In deze studie vonden we een negatieve procentuele overeenkomst (NPA) van 100% (95% BI 94,6-100) voor alle analyses in vergelijking met CRS. De Sansure Biotechnology-analyse toonde een minimale PPA van 93,8% (95% BI 87,2-97,1) en de DAAN Gene 2019-NCOV-analyse had een algemene overeenkomst van 99,4% (95% BI 96,6-99,9). De algemene overeenkomst tussen de SARS-COV-2 BGI-test en de Sansure Biotech 2019-NCOV-test was daarentegen respectievelijk 98,8% en 96,3% (tabel 2).
Cohen's Kappa-overeenkomstcoëfficiënt tussen CRS en Abbott SARS-COV-2 testresultaten was volledig consistent (k = 1,00). Evenzo zijn Cohen's Kappa-waarden gedetecteerd door Daan Gene 2019-NCOV, SARS-COV-2 BGI en Sansure Biotech 2019-NCOV ook volledig consistent met CRS (K ≥ 0,925). In deze vergelijkende analyse toonde de chikwadraat-test (McNemar-test) aan dat de Sansure Biotech 2019-NCOV-testresultaten significant verschillen van de CRS-resultaten (P = 0,031) (tabel 2).
Zoals getoond in Fig.1 Het percentage van de laagste CT-waarde (<20 ct) Abbott SARS-COV-2-test (gecombineerd RDRP en N-gen) was 87,6% en ORF1A/B Gene CT-waarde van Sansure Biotech 2019-NCOV-test toonde dat het percentage lage CT-waarde (<20 CT) 50,3% was en de hoge CT-waarde (36–40 CT) was 3,2%. 1 Het percentage van de laagste CT-waarde (<20 ct) Abbott SARS-COV-2-test (gecombineerd RDRP en N-gen) was 87,6% en ORF1A/B Gene CT-waarde van Sansure Biotech 2019-NCOV-test toonde dat het percentage lage CT-waarde (<20 CT) 50,3% was en de hoge CT-waarde (36–40 CT) was 3,2%.Zoals getoond in Fig.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) составил 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 20 Ct) составлял 50,3%, а высокое значение Ct (36–40 Ct) составляло 3,2%. 1 was het percentage van de laagste CT-waarde (<20 ct) -analyse van Abbott SARS-COV-2 (gecombineerd gen RDRP en N) 87,6%, en de CT-waarde van ORF1A/B genanalyse van Sansure Biotech 2019-NCOV heeft aangetoond dat het percentage van lage CT-waarde (<20 CT) een rekening heeft gehouden met 3,2%CT)如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（< 20 Ct）为87.6%，Sansure Biotech 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50.3%，高Ct 值(36–40 Ct) 的百分比为3.2%。 Zoals getoond in figuur 1 is het laagste CT-waardepercentage (<20 ct) Abbott SARS-COV-2-test (combinatie van RDRP en N-gen) 87,6%, de ORF1A/B gen CT-waarde van Sansure Biotech 2019-NCOV-test toont een laag CT 值 (<20 CT) 的 Percentage is 50,3%, 高 CT 值 CT 值 (36–40 CT) 的 Percentage is 3,2%. Как показано на рисунке 1, анализ Abbott Sars-Cov-2 (сочетающий гены rdrp и n) имел самое низкое проценроценроценачеvel ° ° ° ° зCEеененачеvan ° üceren ° ° ° ° ° зCerst) раззере 87,6%, а значение ct гена orf1a/b в иследовании Sansure Biotech 2019- анализ ncov показазазазазазазаaffer нззз ззз нзазазаaffer нзgezet. Zoals getoond in figuur 1, had de Abbott SARS-COV-2-test (het combineren van de RDRP- en N-genen) de laagste percentage CT-waarde (<20 CT) bij 87,6%, terwijl de CT-waarde van het ORF1A/B-gen in de Sansure Biotech 2019-studie-de analyse van NCOV een lage CT toonde. Процент значений (<20 ct) составил 50,3%, а процент выыыох значений ct (36–40 ct) соавил 3,2%. Het percentage waarden (<20 ct) was 50,3%en het percentage hoge CT -waarden (36-40 CT) was 3,2%.De Abbott SARS-COV-2 B-test registreerde CT-waarden boven 30. Aan de andere kant had op het BGI SARS-COV-2-assay ORF1A/B-gen een hoge CT-waarde (> 36 CT) percentage 4% (Fig. 1). Aan de andere kant had op het BGI SARS-COV-2-assay ORF1A/B-gen een hoge CT-waarde (> 36 CT) percentage 4% (Fig. 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), процент которого составлял 4% (рис. 1). Aan de andere kant had in de analyse van BGI SARS-COV-2-gen ORF1A/B een hoge CT-waarde (> 36 CT), waarvan het percentage 4% was (Fig. 1).另一方面 在 在 BGI SARS-COV-2 检测中, ORF1A/B 基因具有高 CT 值（> 36 CT） 的百分比为 4%（图 1）。。 Aan de andere kant is het percentage ORF1A/B-gen met een hoge CT-waarde (> 36 CT) bij BGI SARS-COV-2-detectie 4% (figuur 1). С друassen стороны, в анализе Bgi SARS-COV-2 процент генов orf1a/B с выыооими значения ии CT (> 36 CT) сACAtie 4% (рис. 1). Aan de andere kant was in de BGI SARS-COV-2-analyse het percentage ORF1A/B-genen met hoge CT-waarden (> 36 CT) 4% (Fig. 1).
In deze studie namen we 164 nasopharyngeale monsters. Voor alle soorten assays werd RNA -isolatie en versterking uitgevoerd met behulp van de methoden en kits die door de respectieve fabrikanten worden aanbevolen.
Deze studie toonde aan dat Abbott's test voor SARS-COV-2 dezelfde detectieprestaties heeft als CRS, met 100% positieve, negatieve en totale overeenstemming. De Kappa -overeenkomst van Cohen is 1,00, wat een volledige overeenkomst met CRS aangeeft. Uit een soortgelijke studie van de Universiteit van Washington in de VS bleek dat de algemene gevoeligheid en specificiteit van de Abbott-test voor SARS-COV-2 respectievelijk 93% en 100% was, vergeleken met de laboratorium-bepaalde test (LDA) van de CDC. 11. Het Abbott SARS-COV-2-detectiesysteem is gebaseerd op de gelijktijdige gecombineerde detectie van de N- en RDRP-genen, omdat beide genen gevoeliger zijn en valse negatieven minimaliseren12. Een studie in Wenen, Oostenrijk toonde ook aan dat grote extractiemonstervolumes en detectie eluentvolumes verdunningseffecten en verhoogde detectie -efficiëntie geminimaliseerde13. De perfecte match van Abbott voor de SARS-COV-2-test kan dus worden geassocieerd met een platformdetectiesysteem dat tegelijkertijd combinatorische genen detecteert, een groot aantal monsters (0,5 ml) extraheert en een grote hoeveelheid eluent (40 µl) gebruikt.
Onze resultaten toonden ook aan dat de detectieprestaties van de Maan -genetische test bijna hetzelfde waren als die van CRS. Dit is consistent met een studie14 uitgevoerd aan de Anhui University in Huainan, China, en de claim van de fabrikant over 100% positieve overeenkomst. Ondanks rapporten van consistente resultaten, was één monster onjuist negatief na het hertesten van dezelfde eluaat, maar was positief in de Abbott SARS-COV-2 en Sansure Biotech NCOV-2019 assays. Dit suggereert dat er variabiliteit kan zijn in resultaten tussen verschillende soorten assays. Desalniettemin was het resultaat van de Daan-gen-test in de studie in China15 aanzienlijk verschillend (p <0,05) in vergelijking met hun lab-gedefinieerde referentie-test. Desalniettemin was het resultaat van de Daan-gen-test in de studie in China15 aanzienlijk verschillend (p <0,05) in vergelijking met hun lab-gedefinieerde referentie-test. Тем не менеее, в иследованииW, проведенном В китае15, резльтат анализа Daan Gene значительно асаamil лабораторного эталоннuidelijk анализа. In een onderzoek in China15 was het analyseresultaat van Daan Gene echter aanzienlijk verschillend (p <0,05) van hun laboratoriumreferentieanalyse.然而 在中国进行的研究中 在中国进行的研究中 15, 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（ p <0,05）。然而 在中国进行的研究中 在中国进行的研究中 15, 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差 <0,05 Однако в исследованииW, проведеннном в китае15, резльтаты гененетическогоpp теста Daan значительаиchter (p <0,05) пначительаиchter (p <0,0.05) поeuws зототлчалаалаалаларчEчалEgezet чалалалess пачаи mensen потачотачаи mensen потачотачалаалаалEчgezet чачалess пачачалEчgezet. сравнению с е эталонныы лабораторны тестом. In een onderzoek in China15 waren de resultaten van de genetische test van Daan echter significant verschillend (p <0,05) in vergelijking met de referentielaboratoriumtest.Deze discrepantie kan te wijten zijn aan de gevoeligheid van de referentietest om SARS-COV-2 te detecteren, en verdere studies kunnen belangrijk zijn om de oorzaak te bepalen.
Bovendien evalueerde onze studie de vergelijkende prestaties van de SARS-COV-2 BGI-test met CRS, met een uitstekende positieve percentageovereenkomst (PPA = 97,9%), negatieve procentuele overeenkomst (NPA = 100%) en het totale percentageovereenkomst per geslacht (OPA). ). = 98,8%). Cohen's Kappa -waarden vertoonden een goede overeenkomst (k = 0,975). Studies in Nederland16 en China15 hebben consistente resultaten aangetoond. De SARS-COV-2 BGI-test is een enkele gen (ORF1A/B) detectietest met behulp van 10 µl amplificatie/detectie eluate. Ondanks een goede statistische overeenkomst met onze referentieresultaten, miste de analyse twee positieve monsters (1,22%) van het totale monster. Dit kan enorme klinische implicaties hebben voor transmissiedynamiek op zowel de patiënt- als het gemeenschapsniveau.
Een andere vergelijkende analyse in deze studie was de Sansure Biotech NCOV-2019 RRT-PCR (RUO) -assay; Het totale matchpercentage was 96,3%. De sterkte van overeenstemming werd ook bepaald door de Kappa -waarde van de Cohen, die 0,925 was, wat een volledige overeenkomst met de CRS aangeeft. Nogmaals, onze resultaten zijn identiek aan studies die worden uitgevoerd aan de Central South University in Changsha, China en bij het Clinical Laboratory Department of Liuzhou People's Hospital, Liuzhou City, China17. Hoewel de bovenstaande goede statistische overeenstemming werd opgenomen, toonde de Chi-kwadraatstest (MacNemar-test) aan dat het resultaat van de Sansure Biotech-test een statistisch significant verschil heeft gehad in vergelijking met CRS (P <0,005). Hoewel de bovenstaande goede statistische overeenstemming werd opgenomen, toonde de Chi-kwadraatstest (MacNemar-test) aan dat het resultaat van de Sansure Biotech-test een statistisch significant verschil heeft gehad in vergelijking met CRS (P <0,005). Несмотря на то, что ыыло зафиксировано указазазаннное выше хорошее derde статистическоclus сответSTMAess, крax, кррax, крax, крax, крий хlieр хи-apport, крий хlieр хdel хamil (критерий макнемара) показал, что резльлтат ананализа sansure biotech иеееееееееееееleiding сеатистистисclusassen значимое achзимое рззимимое achзчимое рззимое achзчимое achuidelijk ° ° ° ° ° ° ° clusчix рreven рзчимое uctчое ° ° ° clusчix рзчччччччччююзюое achзчччччююю achзччююю рoemen рззчю ijl 0,005). Hoewel de goede statistische overeenkomst hierboven werd geregistreerd, toonde de chikwadraat-test (McNemar-test) aan dat het resultaat van de Sansure Biotech-test een statistisch significant verschil had in vergelijking met de CRS (P <0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性 但卡方检验（ 但卡方检验（ MacNemar 检验） 表明 表明, Sansure Biotech 检测的结果与 CRS 相比具有统计学显着差异（ P <0,005）。尽管 记录 了 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（ （（ MacNemar 检验 表明 ，, Sansure Biotech 检测 结果 与 与 CRS 相比 具有 显着 （（ （（ （（ （（ P <0,005 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。）））））） Несмотря на отмечененное выше хорошее derde статистическое сответстствие, критерий хи-вадратаeuws (крийййаchter падараidu мйадucht статистически значимю разниц (p <0,005) между анализом sansure biotech и crs. Ondanks de hierboven genoemde goede statistische overeenkomst, vertoonde de chikwadraat-test (McNemar-test) een statistisch significant verschil (p <0,005) tussen de Sansure Biotech-test en de CRS.Zes monsters (3,66%) bleken valse negatieven te zijn in vergelijking met CRS (aanvullende tabel 1); Dit is erg belangrijk, vooral gezien de dynamiek van de overdracht van het virus. De bovenstaande gegevens ondersteunt ook deze lage detectiesnelheid15.
In deze studie werden CT-waarden bepaald voor elke test en respectieve platform, met de laagste gemiddelde CT-waarde gerapporteerd in de Abbott SARS-COV-2-test. Dit resultaat kan verband houden met het gelijktijdige gecombineerde genetische testsysteem van Abbott voor de detectie van SARS-COV-2. Volgens figuur 1 had 87,6% van de Abbott SARS-COV-2-resultaten CT-waarden onder de 20. Slechts een klein aantal monsterresultaten (12,4%) bevond zich in het bereik van 20-30. CT -waarden boven 30 werden niet geregistreerd. Naast het gebruik van Abbott van het genetische testformaat van het SARS-COV-2-paneel, kan dit resultaat verband houden met de lagere detectielimiet (32,5 RNA-kopieën/ml) 18, die drie keer lager is dan de ondergrens van het bedrijf van 100 RNA-kopieën/ml. ml) 19.
Deze studie heeft enkele beperkingen: ten eerste hebben we geen standaard/referentiemethoden [zoals virale belasting of andere laboratoriumtests (LDA)] vanwege gebrek aan middelen. Ten tweede waren alle exemplaren die in deze studie werden gebruikt nasofaryngeale wattenstaafjes, terwijl de resultaten niet van toepassing waren op andere specimentypen, en ten derde was onze steekproefgrootte klein.
Deze studie vergeleek de prestaties van vier RRT-PCR-testen voor SARS-COV-2 met behulp van nasopharyngeale monsters. Alle detectietesten hadden bijna vergelijkbare prestaties, met uitzondering van de Sansure Biotech -test. Bovendien werd de lage positiviteitssnelheid geïdentificeerd in de Sansure Biotech -test vergeleken met de CRS (P <0,05). Bovendien werd de lage positiviteitssnelheid geïdentificeerd in de Sansure Biotech -test vergeleken met de CRS (P <0,05). Кроме того, в тесте Sansure Biotech ыы выявлен низкий процент положительных рльтьтьттьттт vanafьтататов поsteem со совненененclusю с Crs (P <0,05). Bovendien vertoonde de Sansure Biotech -test een laag percentage positieve resultaten in vergelijking met CRS (P <0,05).此外 ， 与 CRS 相比, Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (P <0,05)。此外 ， 与 CRS 相比, Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (P <0,05)。 Кроме того, анализ Sansure Biotech имел болееее низкий уровень положительных рльаатоtr по поsteem по по по ach срв ach с ach с ach с ach с ach с ach с ach с ach с ach с ach с ach с ach с ach с ach с ach с с ach с ach с ach с ach с ach с ach с ach с ach с ach с ach с ach с ach с ach с ach с ach с ach с ach с ach с ach с ach с ach сCisc. Bovendien had de Sansure Biotech -test een lagere positiviteitssnelheid in vergelijking met CRS (P <0,05).De Sansure Biotech NCOV-2019 (RUO) -analyse van PPA, NPA en de totale overeenkomst overschreed 93,5% met een Cohen Kappa-sterkte van overeenkomstwaarde van 0,925. Ten slotte heeft de Sansure Biotech Assay (RUO) verdere validatie nodig voor gebruik in Ethiopië en moet aanvullend onderzoek worden overwogen om claims van individuele fabrikanten te evalueren.
Vergelijkend onderzoeksontwerp werd uitgevoerd bij vier gezondheidsfaciliteiten in Addis Ababa, Eka Kotebe Hospital, Millennium Church Treatment Center, Zewooditu Memorial Hospital en St. Peter's Tuberculosis Specialist Hospital. De gegevens werden verzameld tussen 1 en 31 december 2020. De medische voorzieningen voor deze studie werden doelbewust gekozen op basis van hun grote aantal gevallen en de beschikbaarheid van grote behandelingscentra in de stad. Evenzo werden instrumenten, waaronder de ABI 7500 en Abbott M2000 real-time PCR-instrumenten, geselecteerd volgens de aanbevelingen van de NAAT-reagensfabrikanten, en vier PCR-detectiekits werden geselecteerd voor deze studie, omdat de meeste laboratoria in Ethiopië ten minste er minstens vier gebruikten. Gene Test, Abbott SARS-COV-2-test, Sansure Biotech-test en SARS-COV-2 BGI-test uitgevoerd tijdens de studie).
Testen voor SARS-COV-2 werd uitgevoerd van 1 tot 30 december 2020 met behulp van 3 ml viral transportmedium (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, China) van personen die werden onderzocht voor Covid-19 verwezen naar EPHI. Nasopharyngeale monsters werden verzameld door getrainde monsterverzamelaars en in drievoudige pakketten naar Ephi gestuurd. Voorafgaand aan de isolatie van nucleïnezuur krijgt elk monster een uniek identificatienummer toegewezen. Extractie wordt onmiddellijk bij aankomst uit elk monster uitgevoerd met behulp van handmatige en automatische extractiemethoden. Aldus werd voor de automatische extractie van Abbott M2000, 1,3 ml (inclusief 0,8 ml dode volume en 0,5 ml extractie -inlaatvolume) van het monster uit elk monster geëxtraheerd en door het Abbott DNA -monsterbereidingssysteem (Abbott Molecular Inc. Des Plaines, Il, VS) geëxtraheerd. ) Een batch van 96 [92 monsters, twee detectiecontroles en twee niet-template controles (NTC)] werd in realtime opgenomen in het totale proces (ophalen en detectie) van twee rondes van SARS-COV-2 (EUA). mijnbouw. Evenzo gebruik voor handmatige extractie dezelfde monsters (voor automatische extractie en ontdekking). Aldus werden gedurende het hele proces 140 µl monsters aliquoted en geëxtraheerd met behulp van de QIAAMP virale RNA Mini -kit (Qiagen GmbH, Hilden, Duitsland) in batches van 24 (inclusief 20 monsters, twee assay -controles en twee NTC's) over negen rondes. Handmatig geëxtraheerde eluates werden versterkt en gedetecteerd met behulp van een ABI 7500-thermische cycler met behulp van SARS-COV-2 BGI-test, Maan-gen-assay en Sansure Biotech Assay.
Geautomatiseerde isolatie en zuivering van SARS-COV-2 virale RNA volgt het magnetische parelprincipe met behulp van Abbott DNA-monsterbereidingsreagentia. Inactivering van monsters en solubilisatie van virale deeltjes wordt uitgevoerd met behulp van een wasmiddel dat guanidine -isothiocyanaat bevat om het eiwit te ontkennen en RNase te inactiveren. Het RNA wordt vervolgens gescheiden van het eiwit door vaste fasescheiding met behulp van silica, dwz het guanidiniumzout en de alkalische pH van de lysisbuffer bevorderen binding van de nucleïnezuren aan het silica (SiO2). De spoelstap verwijdert de resterende eiwitten en puin om een duidelijke oplossing te produceren. Transparant RNA wordt geïsoleerd uit op silica gebaseerde microdeeltjes met behulp van het magnetische veld20,21 van het instrument. Aan de andere kant wordt handmatige isolatie en zuivering van RNA uitgevoerd door de spinkolommethode met behulp van centrifugatie in plaats van een magnetische standaard en scheiding van microdeeltjes van het eluent.
De Abbott Real-Time SARS-COV-2-detectietest (Abbott Molecular, Inc.) werd uitgevoerd volgens de instructies van de fabrikant, die EUA19,22 ontvingen van de WHO en FDA. In dit protocol werd monsterinactivering voordat extractie 30 minuten in een waterbad bij 56 ° C werd uitgevoerd. Na virusinactivering werd nucleïnezuurextractie uitgevoerd op een Abbott M2000 SP -instrument van 0,5 ml VTM met behulp van een Abbott M2000 DNA -monsterbereidingssysteem. Volgens de fabrikant. Amplificatie en detectie werden uitgevoerd met behulp van een Abbott M2000 RT-PCR-instrument en dubbele detectie werd uitgevoerd voor de RDRP- en N-genen. Rox) en Vic P (eigen kleurstof) voor het richten en detectie van interne controles, waardoor gelijktijdige detectie van beide amplificatieproducten 19 mogelijk is.
De amplificatiedetectiemethode van deze kit is gebaseerd op één-stappen RT-PCR-technologie. De ORF1A/B- en N -genen werden door MAAN -gentechnologie geselecteerd als geconserveerde gebieden om de versterking van de doelgebied te detecteren. Specifieke primers en fluorescerende probes (N-genprobes gelabeld met FAM, ORF1A/B-sondes gelabeld met Vic) zijn ontworpen om SARS-CoV-2 RNA in monsters te detecteren. De uiteindelijke eluent- en mastermixen werden bereid door 5 µl eluent toe te voegen aan 20 µl van de mastermix aan een eindvolume van 25 µl. Amplificatie en detectie werden gelijktijdig uitgevoerd op een ABI 750024 realtime PCR-instrument.
De ORF1A/B- en N-genen werden gedetecteerd met behulp van de Sansure Biotech NCOV-2019 nucleïnezuur diagnostische kit (fluorescerende PCR-detectie). Bereid specifieke sondes voor elk doelgen door het FAM -kanaal te selecteren voor het ORF1A/B -gebied en het ROX -kanaal voor het N -gen. Aan deze testkit worden eluent- en mastermixreagentia als volgt toegevoegd: Bereid 30 µl mastermixreagens en 20 µl geëlueerd monster voor detectie/versterking. Real-time PCR ABI 750025 werd gebruikt voor versterking/detectie.
De SARS-COV-2 BGI-test is een fluorescerende real-time RRT-PCR-kit voor de diagnose van COVID-19. Het doelgebied bevindt zich in het ORF1A/B-gebied van het SARS-COV-2-genoom, dat een enkele gendetectiemethode is. Bovendien is het menselijke huishoudgen β-actine een intern gereguleerd doelgen. De mastermix wordt bereid door 20 µl van het mastermixreagens en 10 µl van het geëxtraheerde RNA -monster te mengen in een putsplaat26. Een ABI 7500 fluorescerend kwantitatief real-time PCR-instrument werd gebruikt voor versterking en detectie. Alle nucleïnezuuramplificatie, PCR -runcondities voor elke test en interpretatie van resultaten werden uitgevoerd volgens de instructies van de respectieve fabrikant (tabel 3).
In deze vergelijkende analyse hebben we de referentiestandaardmethode niet gebruikt om de procentuele overeenkomst (positief, negatief en algemeen) en andere vergelijkingsparameters voor de vier analyses te bepalen. Elke testvergelijking werd gedaan met CRS, in deze studie werd de CRS ingesteld door de regel "elk positief" en het resultaat werd bepaald, niet door een enkele test, we gebruikten ten minste twee gematchte testresultaten. Bovendien zijn in het geval van COVID-19-transmissie vals-negatieve resultaten gevaarlijker dan vals-positieve resultaten. Daarom, om 'positief' zo nauwkeurig mogelijk te zeggen uit een CRS -resultaat, moeten ten minste twee testtests positief zijn, wat betekent dat ten minste één positief resultaat waarschijnlijk voortkomt uit een EUA -test. Van van de vier testresultaten worden dus twee of meer testresultaten die hetzelfde resultaat geven beschouwd als waar positief of negatief18,27.
Gegevens werden verzameld met behulp van gestructureerde gegevens -extractievormen, gegevensinvoer en analyse werden uitgevoerd met behulp van Excel Statistical Software en SPSS versie 23.0 voor beschrijvende statistieken. Positief, negatief en totale percentage overeenkomst werden geanalyseerd en een KappA -score werd gebruikt om de mate van overeenstemming van elke methode met CRS te bepalen. Kappa-waarden worden als volgt geïnterpreteerd: 0,01 tot 0,20 voor een milde overeenkomst, 0,21 tot 0,40 voor algemene overeenkomst, 0,41-0,60 voor matige overeenkomst, 0,61-0,80 voor belangrijke overeenkomst en 0,81-0,99 voor volledige overeenkomst28.
Ethische goedkeuring werd verkregen van de Universiteit van Addis Ababa en alle experimentele protocollen voor deze studie werden goedgekeurd door de Scientific Ethics Review Board van het Ethiopian Public Health Institute. Het referentienummer voor de EPHI-ethische licentie is EPHI/IRB-279-2020. Alle methoden werden toegepast in overeenstemming met de aanbevelingen en bepalingen van de Ethiopische nationale uitgebreide richtlijnen voor de behandeling van COVID-19. Bovendien werd schriftelijke geïnformeerde toestemming verkregen van alle deelnemers aan de studie voorafgaand aan deelname aan het onderzoek.
Alle gegevens verkregen of geanalyseerd in deze studie zijn opgenomen in dit gepubliceerde artikel. Gegevens die de resultaten van deze studie ondersteunen, zijn op redelijk verzoek verkrijgbaar bij de respectieve auteur.
Wereldgezondheidsorganisatie. Aanbevelingen voor laboratoriumteststrategieën voor COVID-19: Interim Guidance, 21 maart 2020 Nee. WHO/2019-NCOV/LAB_TESTING/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki Covid-19 slimme diagnose op de afdeling spoedeisende hulp: all-in in de praktijk. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki Covid-19 slimme diagnose op de afdeling spoedeisende hulp: all-in in de praktijk.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. en Gurgulisis, KI Intelligente diagnose van COVID-19 op de afdeling spoedeisende hulp: alles in de praktijk.Muliou DS, Pantazopoulos I. en Gurgulyanis Ki Intelligente diagnose van COVID-19 op spoedeisende hulpdiensten: end-to-end integratie in de praktijk. Expert Dominee Adem. geneesmiddel. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Evaluatie van de Covid19 ID NU EUA ASSAY. Mitchell, SL & St George, K. Evaluatie van de Covid19 ID NU EUA ASSAY.Mitchell, SL en St. George, K. Evaluatie van de Covid19 ID NU EUA ASSAY.Mitchell SL en St. George K. Evaluatie van de COVID19 ID NU EUA ASSAY. J. Klinisch. Virus. 128, 104429. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
WHO. Laboratoriumdetectie van coronavirusziekte 2019 (COVID-19) bij vermoedelijke menselijke ziekte. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (bezocht 15 augustus 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. et al. COVID-19 Diagnose: hulpmiddelen voor ziekten en test. ACS Nano 14 (4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. De oprichting van het College of Pathologists of Eastern, Centraal en Zuid -Afrika - Regionale School of Pathology of the Middle East en Zuid -Afrika. Afrika. J. Lab. geneesmiddel. 9 (1), 1-8 (2020).
Ethiopian Institute of Public Health, Federal Ministry of Health. Tussentijdse nationale strategie en begeleiding voor laboratoriumdiagnose van COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/ephi_pheoc_covid-19_laboratory_diagnosis_eng.pdf (geraadpleegd op 12 augustus 2020) (Ephi, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, als vals negatieve tests voor SARS-COV-2 infectie-uitdagingen en implicaties. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, als vals negatieve tests voor SARS-COV-2 infectie-uitdagingen en implicaties.Voloshin S., Patel N. en Kesselheim als vals-negatieve tests voor SARS-COV-2-infecties en hun gevolgen.Voloshin S., Patel N. en Kesselheim als vals-negatieve tests voor provocatie en de impact van SARS-COV-2-infectie. N. Eng. J. Geneeskunde. 383 (6), E38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, Ki False-positieve en vals-negatieve COVID-19-gevallen: strategieën voor ademhalingspreventie en management, vaccinatie en verdere perspectieven. Mouliou, DS & Gourgoulianis, Ki False-positieve en vals-negatieve COVID-19-gevallen: strategieën voor ademhalingspreventie en management, vaccinatie en verdere perspectieven. Mouliou, ds & gourgoulianis, ki лжноположительные и ложжноотрицательные сwoord слчаи covid-19: респrijf-ленираторнаaï поратораgeach üw пиаааакака аassen ииаа иalen иааа ‘лччатеveluwen, вакцинация и дальнейшие перSTMsyCinnen. Mouliou, DS & Gourgoulianis, Ki False Positive en False Negative Gevallen van COVID-19: ademhalingspreventie- en behandelingsstrategieën, vaccinatie en de weg vooruit.Muliu, DS en Gurgulianis, Ki False-positieve en vals-negatieve gevallen van COVID-19: strategieën voor ademhalingspreventie en behandeling, vaccinatie en de weg vooruit. Expert Dominee Adem. geneesmiddel. 15 (8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19 diagnose op de afdeling spoedeisende hulp: de boom zien maar het bos verliezen. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19 diagnose op de afdeling spoedeisende hulp: de boom zien maar het bos verliezen.Mouliou, DS, Ioannis, P. en Konstantinos, G. Covid-19 Diagnose op de afdeling spoedeisende hulp: zie de boom, verlies het bos.Muliou ds, Ioannis P. en Konstantinos G. Covid-19 Diagnose in eerste hulpkamers: niet genoeg bos voor de bomen. Verschijnen. geneesmiddel. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-angeli, E. et al. Validatie en validatie van de analytische en klinische prestaties van de Abbott Realtime SARS-COV-2-test. J. Klinisch. Virus. 129, 104474. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar -Neestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Vergelijking vijf primersets uit verschillende genoomregio van COVID-19 voor detectie van virusinfectie door conventionele RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar -Neestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Vergelijking van vijf primersets uit verschillende genoomgebieden van COVID-19 voor detectie van virusinfectie door conventionele RT-PCR.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar -Neestanaki, D., Fazlalipour, M. en Aflatunyan, B. Vergelijking van vijf sets primers uit verschillende regio's van het COVID-19-genoom voor detectie van virale infectie door conventionele RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar -Neestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自 Covid-19 不同基因组区域的五个引物组 ， 用于通过常规 RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar -Neestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Vergelijking van 5 verschillende genetische regio's van COVID-19 voor detectie van virale infectie door conventionele RT-PCR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar -Neestanaki D, Fazlalipour M. en Aflatunyan B. Vergelijking van vijf sets primers uit verschillende regio's van het Covid-19-genoom voor detectie van virale infectie door conventionele RT-PCR.Iran. J. Microbiologie. 12 (3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Voorlopige resultaten van het nationale externe kwaliteitsbeoordelingsprogramma voor de detectie van SARS-COV-2 genoomsequenties. J. Klinisch. Virus. 129, 104537. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Analytische evaluatie van de werkzaamheid van vijf RT-PCR-kits voor ernstig acuut ademhalingssyndroom coronavirus 2. J. Clinical. laboratorium. anus. 35 (1), E23643 (2021).
Wang B. et al. Evaluatie van zeven in de handel verkrijgbare SARS-COV-2 RNA-detectiekits in China op basis van realtime polymerasekettingreactie (PCR). Klinisch. Chemische stof. laboratorium. geneesmiddel. 58 (9), E149 - E153 (2020).
Van Casters, PB et al. Vergelijking van zeven commerciële RT-PCR COVID-19 diagnostische kits. J. Klinisch. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al. Vergelijking van diagnostische prestaties van twee PCR-kits voor de detectie van SARS-COV-2-nucleïnezuren. J. Klinisch. laboratorium. anus. 34 (10), E23554 (2020).
Lefart, PR, enz. Een vergelijkende studie van vier SARS-COV-2 nucleïnezuuramplificatietesting (NAAT) -platforms toonde aan dat de ID-prestaties significant werden afgebroken, afhankelijk van het type patiënt en het monster. diagnose. microbiologie. Infecteren. diss. 99 (1), 115200 (2021).
Abbott Molecule. Abbott realtime SARS-COV-2 analysepakketinvoeging. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-deisease/realtime-sars-cov-2-assay. 1-12. (Vanaf 10 augustus 2020) (2020).
Klein, S. et al. SARS-COV-2 RNA-isolatie met behulp van magnetische kralen voor snelle grootschalige detectie door RT-qPCR en RT-LAMP. Virus 12 (8), 863 (2020).
Posttijd: dec-08-2022
Privacy -instellingen